Untuk mengkondisikan agar iklim mikro lahan penanaman sesuai dengan syarat tumbuh optimalnya, tanaman kakao memerlukan pohon penaung. Sesuai dengan habitat aslinya yakni hutan hujan tropis, pohon penaung mutlak diperlukan oleh pertanaman kakao agar tujuan budidaya tanaman yang pertama kali diusahakan oleh bangsa Indian Aztec ini dapat tercapai dengan optimal.
Pohon penaung dalam usaha budidaya tanaman kakao terbagi ke dalam 2 jenis, yakni pohon penaung sementara dan pohon penaung tetap.
Pohon penaung sementara
Pohon penaung sementara adalah pohon penaung yang dibutuhkan untuk menjaga kondisi iklim mikro pada lahan penanaman kakao yang masih berumur muda alias masih belum berproduksi. Pohon penaung sementara berfungsi untuk melindungi tanaman kakao muda yang cenderung masih lemah dari tiupan angin yang terlalu kencang dan dari sinar matahari yang terlalu terik.
Syarat pohon penaung sementara yang dapat digunakan adalah pertumbuhannya tegak, perakarannya tidak terlalu menyebar ke samping, kayunya lunak. Cepat tumbuh, dan sebaiknya merupakan tanaman leguminosa. Jenis pohon yang dapat dijadikan sebagai penaung sementara antara lain tanaman buah pisang, pohon turi, Felmingia congesta, Theprosia candida, Crotalaria anagyroides, dan C. usaramoensis.
Pohon penaung tetap
Pohon penaung tetap adalah pohon penaung yang dibutuhkan untuk menjaga kondisi iklim mikro pada lahan penanaman kakao sepanjang hidupnya. Pohon penaung tetap berfungsi untuk menjaga atau melindungi tanaman kakao produktif dari angin yang kecepatannya tinggi dan dari intensitas penyinaran matahari yang terlalu besar.
Syarat pohon penaung tetap yang dapat digunakan adalah pertumbuhannya cepat, percabangannya banyak sehingga daya naungnya tinggi, tahan terhadap tiupan angin, tidak merupakan tanaman inang bagi hama dan penyakit tanaman kakao, perakarannya dalam, serta bagian tanamannya bisa dimanfaatkan untuk keperluan lainnya. Jenis pohon yan cocok digunakan sebagai penaung tetap adalah lamtoro, sengon, dadap, Glyricidia spium, petai, dan kelapa.